El fútbol competitivo se suspendió en Gran Bretaña durante la Segunda Guerra Mundial. El Brentford compitió en la Footba...ll League South y en otras ligas regionales. El club compitió en la London War Cup en 1940-41 y 1941-42, llegando a la final en ambas ocasiones y ganando este último torneo. Len Townsend fue el máximo goleador durante los años de guerra, con 49 goles.