El AFC Wimbledon fue fundado en 2002 por aficionados del Wimbledon Football Club original, que había sido reubicado y rebautizado como Milton Keynes Dons (MK Dons).
El club se formó en respuesta...al polémico traslado del Wimbledon FC a Milton Keynes, que dejó un vacío para el fútbol en la zona de Wimbledon.
El AFC Wimbledon empezó en las categorías inferiores del fútbol inglés y ha ido ascendiendo en el sistema de la liga.
El club mantiene un fuerte vínculo con su comunidad y su afición, y su ascenso en la liga ha sido notable.
La camiseta local del AFC Wimbledon luce tradicionalmente los colores primarios del equipo, que son el azul y el amarillo.