Το ανταγωνιστικό ποδόσφαιρο διακόπηκε στη Βρετανία κατά τη διάρκεια του Β' Παγκοσμίου Πολέμου. Η Μπρέντφορντ αγωνίστηκε ...στη Football League South και σε άλλα περιφερειακά πρωταθλήματα. Ο σύλλογος συμμετείχε στο Κύπελλο Πολέμου του Λονδίνου το 1940-41 και το 1941-42, φτάνοντας στον τελικό και τις δύο φορές και κατακτώντας την τελευταία διοργάνωση. Ο Len Townsend ήταν ο πρώτος σκόρερ κατά τη διάρκεια του πολέμου, με 49 γκολ.