Η AFC Wimbledon ιδρύθηκε το 2002 από οπαδούς της αρχικής ποδοσφαιρικής ομάδας του Wimbledon, η οποία είχε μεταφερθεί και μ�...�τονομαστεί σε Milton Keynes Dons (MK Dons).
Ο σύλλογος δημιουργήθηκε ως απάντηση στην αμφιλεγόμενη μετακίνηση της Wimbledon FC στο Milton Keynes, η οποία άφησε ένα κενό για το ποδόσφαιρο στην περιοχή του Wimbledon.
Η AFC Wimbledon ξεκίνησε από τις χαμηλότερες κατηγορίες του αγγλικού ποδοσφαίρου και ανέβηκε στο σύστημα των πρωταθλημάτων.
Ο σύλλογος έχει ισχυρή σύνδεση με την κοινότητα και τους οπαδούς του και η άνοδός του στα πρωταθλήματα ήταν αξιοσημείωτη.
Η εντός έδρας φανέλα της AFC Wimbledon διαθέτει παραδοσιακά τα βασικά χρώματα της ομάδας, τα οποία είναι το μπλε και το κίτρινο.