Die erste Reservemannschaft wurde aus der zweiten Mannschaft des SSV Markranstädt gebildet. Ihre erste Saison war 2009/1...0 in der Bezirksliga Leipzig. Die Mannschaft belegte den ersten Platz und stieg in der Saison 2010/11 in die Sachsenliga auf. Im Rahmen der Vereinbarung mit dem SSV Markranstädt kehrte die Mannschaft nach der Saison 2009/10 zum SSV Markranstädt zurück und spielte in der Saison 2010/11 in der Sachsenliga als deren neue erste Mannschaft.
Um die Reservemannschaft zu ersetzen und nicht mit einer Reservemannschaft aus der untersten Spielklasse beginnen zu müssen, schloss RB Leipzig eine Partnerschaft mit dem ESV Delitzsch aus Delitzsch in Nordwestsachsen. RB Leipzig übernahm die erste Mannschaft des ESV Delitzsch als neue Reservemannschaft und erwarb deren Spielrecht für die Berzirksliga Leipzig.[1] Die Mannschaft belegte erneut den ersten Platz und schaffte den Aufstieg in die Sachsenliga 2011/12, wo sie auf die erste Mannschaft des SSV Markranstädt traf.
Mit der drohenden Insolvenz des FC Sachsen Leipzig, der sich im Juni 2011 auflöste, erwog RB Leipzig den Kauf des Oberliga-Spielrechts für seine Reservemannschaft, zog das Angebot aber später zurück. Eine Bedingung für den Erwerb war, dass mindestens 51 Prozent der Spieler der Mannschaft in den neuen Verein integriert werden mussten, doch RB Leipzig entschied sich stattdessen für den Aufbau einer eigenen Reservemannschaft[2][3].
Für die Saison 2011/12 wurde Tino Vogel zum Cheftrainer ernannt. Die Mannschaft wurde durch den erfahrenen Verteidiger Ingo Hertzsch verstärkt, der die Profimannschaft verlassen hatte. Die Reservemannschaft belegte in der Sachsenliga den vierten Platz. Die Liga wurde vom SSV Markranstädt gewonnen, der sich das Spielrecht für die Oberliga zurückholte.[4] Die Sachsenliga-Saison 2012/13 beendete die Mannschaft auf dem dritten Platz. In der Saison 2013/14 wurde die Mannschaft Erster in der Sachsenliga und schaffte den Aufstieg in die NOFV-Oberliga Süd. Stürmer Tom Nattermann erzielte in der Saison 32 Tore und wurde damit in der Sachsenliga 2013/14 mit großem Abstand Torschützenkönig der Liga[5][6].
In der Saison 2014-15 standen Gegner wie der SSV Markranstädt und der 1. FC Lokomotive Leipzig auf dem Spielplan,[7] doch die Reservemannschaft passte sich erfolgreich an die Oberliga an und wurde zur dominierenden Mannschaft. Die Mannschaft beendete die NOFV-Oberliga Süd 2014/15 auf dem ersten Platz und schaffte den Aufstieg in die Regionalliga Nordost. Nattermann erzielte 26 Tore und wurde dabei nur von Jan Nezmar vom FC Oberlausitz Neugersdorf übertroffen.[8]
Vor der Saison 2015/16 verließ fast die Hälfte der Spieler aus der Vorsaison den Verein, darunter auch Nattermann, der zum FC Erzgebirge Aue wechselte.[8] Die neuen Spieler kamen fast alle aus den eigenen Reihen, darunter sechs Spieler aus der A-Juniorenmannschaft.[9][10] Die Reservemannschaft beendete ihre erste Saison in der Regionalliga auf Platz 11.
Zur Saison 2016/17 wurde der bisherige B-Junioren-Trainer Robert Klauß zum Cheftrainer ernannt und löste damit Vogel ab.[11][12] Vogel setzte seine Karriere beim Verein als Scout in Mitteldeutschland fort, während sein ehemaliger Assistenztrainer Olaf Holetschek weiterhin als Scout im Nachwuchsbereich tätig war.[13] Verstärkt wurde die Mannschaft durch weitere Spieler aus der A-Junioren-Mannschaft sowie durch das 19-jährige Talent Dominik Martinović aus der A-Junioren-Mannschaft von Bayern München.[14] Die Reservemannschaft war vor der Saison 2016-17 die jüngste in der Regionalliga. Das Durchschnittsalter lag im Juni 2016 bei 19 Jahren und 5 Monaten.[15]
RB Leipzig löste die U23-Mannschaft nach der Saison 2016-17 auf, behielt aber die U19- und die U17-Mannschaft bei.
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