Während des Zweiten Weltkriegs war der Wettkampf-Fußball in Großbritannien ausgesetzt. Brentford trat in der Football Le...ague South und anderen regionalen Ligen an. In den Jahren 1940-41 und 1941-42 nahm der Verein am London War Cup teil, erreichte beide Male das Finale und gewann das letztgenannte Turnier. Len Townsend war in den Kriegsjahren mit 49 Toren der beste Torschütze.