تأسس نادي ماغدبورغ في 22 ديسمبر 1965.
وقد شهد نادي ماغدبورغ فترات من النجاح، بما في ذلك الفوز بدوري ألمانيا الديمقراطية الشرقية - أوبرليغا (دوري الدرجة الأولى الألماني الشرقي) عدة مرات والمشاركة في... المسابقات الأوروبية.
يتميز القميص الذي يرتديه نادي ماغديبورغ تقليدياً بالألوان الأساسية للفريق، وهي الأزرق والأبيض.